代表者と取引責任者がが異なっていても、口座開設は可能です。

代表者と取引責任者が異なる場合は、「取引責任者様への権限委任状とその確認書類」の提出が必要となります。
詳しくは、GMOあおぞらネット銀行の法人口座ご利用までの流れで、「アップロード・郵送で提出」の場合をご確認ください。
 

また、GMOあおぞらネット銀行のよくあるご質問 取引権限の委任とはどういうことですか？もあわせてご確認ください。